魏晉南北朝乃繼春秋戰國之後另一個紛擾混亂的時代，各領域發展皆對後世有深遠影響。由於作為基本文獻的正史是以政治史為書寫中心，故本課程仍以政治史作為基本背景，另規劃專題作為延伸內容。
課程按政治演進時序安排，上起漢末動亂，下迄楊隋統一，（一）和（二）分以魏晉十六國和南北朝政治史為主軸，安排十個單元；另外規劃統治體制、民族文化、社會經濟和學術文化等四大專題，並提供參考資料，讓修課同學針對有興趣的專題來選讀，藉此提供同學規劃專題報告所需之養分。透過教師講授政治史、同學準備問題討論乃至專題報告的方式，讓同學能有更多的參與。
上課方式以老師講授和PPT教學為主。各單元提供若干閱讀資料讓學生選讀，以補充授課之不足；每學期安排兩次問題討論課程，透過申論題的練習，培養學生思辯的能力，奠定歷史研究的基礎。