機制哲學在生物學哲學領域最為興盛，因為在生物學醫學的研究中，「發現某現象的底層機制」往往是生醫科學家的核心目標。隨之而來的科學哲學問題是：機制是什麼？如何描述並定徵（characterize）一個機制？如何作科學研究以便發現機制？發現機制是為了什麼？大自然的機制以什麼樣的組織方式而存在？這些問題與傳統物理學哲學聚焦在「（物理或自然）定律」（physical or natural laws）而引發問題大異其趣，但又有共同的目標。如此引發許多科學哲學問題。例如，機制和定律都與因果密切相關，因為機制可以用來作因果說明（因此，使用機制作因果說明又稱為「機制說明」[mechanistic explanation]），如此，使用定律的因果說明和機制說明有何差異？機制是被發現的，存在於事物之中，因此有其存有論的面向。如果機制可以說明現象和規律性，那麼是否機制比定律更根本？又如，機制也可以用來作實驗控制，因此與實驗密切相關，兩者的關係又是什麼？上述都是機制哲學會涉及的重要問題，也是本課程企圖探討的課題。