此為一學年的課程，課程內容將從臺日之間留下最早文字紀錄的1560年開始講述至現今的中華民國政府時期為止。在這將近五百年的歷史中，臺灣曾受清國統治，亦曾為日本殖民地，最後成為中華國政府的所在地。此歷程使得臺日關係存在著複雜、多變的本質。
上學期將講授到二次世界大戰結束、中華民國開始統治臺灣為止。由於大部份課程內容涵蓋了日本帝國統治臺灣的時期，因此也可將本學期的課程，視為是學習日治時期臺灣史的一門課。本學期的主要授課重點有三：(一) 日本未統治臺灣前，國際強權，尤其美英兩國對臺日關係的影響。(二) 日本帝國決心佔領臺灣之理由，及統治臺灣後隨著帝國發展的不同時期，統治政策的更迭。(三) 臺灣社會對日本殖民統治之因應與不同時期的抵抗形態。
本課程希冀以淺顯易懂的方式，促使學生理解臺日關係發展的歷史脈絡、培養學生多元立體且不偏頗的歷史視野。